嘉吉3（1443）年に希明清良が開山、後閑城主依田信濃守政知（法名：長源寺殿大材全棟庵主）が開基とされ、後閑城主新田伊勢守信純が中興開基とされる。
22世界瑞寅国の時に末寺門葉185ヶ寺の本寺として格地常恒会となった。文化元（1804）年2月の山火事により堂宇伽藍は焼失し、現在のの建物はその後に再建されたものである。依田政知と新田信純の墓があり、信純の木像も本堂に安置されている。依田全棟・後閑信純の3点の中世文書写しを所蔵している。
（西上州の中世より）

応永32（1425）年12月26日に鎌倉府は上野国守護代長尾憲明に丹生郷（富岡市）を岩松満長に渡すように命じている。これにより上杉禅秀の乱で所領没収された岩松氏は所領を回復した。また「上州故城塁記」によると、新田景純の時に北条政時を滅ぼして丹生山から碓井郡の後閑城移ったとある。
信純は景純の子にあたり、後閑氏を名乗り武田家に仕え、永禄10（1567）年8月に起請文を提出している。高野山清浄心院所蔵「上野日月供名簿」には、信純の日碑があり、「臼井郡後閑郷為新田伊勢守殿　長源寺殿一山信純大禅定門　天正7年己卯2月21日」とある。
（西上州の中世より）

中島興十郎の「後閑の歴史」によると、中央は「吉祥寺殿前勢州太守一山真純大居士（後閑信純）」、左は「長源寺殿利山源勝大居士　伊勢殿之嫡子（後閑久純）」、右は「長源寺殿法岸信晴大居士　享徳元（1452）年壬申7月23日（没年から考えて依田全棟の父である依田忠政か）」としている。
（西上州の中世より）

長源寺開山である依田全棟の墓は歴代住職の墓所に安置されている。
（西上州の中世より）